清流中学地处浦东新区上南新村，1990年在区重点中学上南中学原址上成立了公办初级中学——上南二中，1993年更名为清流中学。老作家峻青先生曾为学校泼墨题词：“一江春水在清流，一表人才出清流”，以勉励清流师生励精图治，实干兴校，精心育人，广出人才。这始终鼓舞着清流中学的全体师生不断进取，勇于创新。2001年5月，被市教委命名为上海市二期课改实验基地。 1993年以来，学校集体和师生个人获市级荣誉累计50项、区级荣誉320项。学校为区三星级行为规范示范校、文书档案管理市级先进、区卫生标兵单位、连续十一年荣获“浦东新区综合治理先进单位”称号，2000年9月学校成为市教委命名的“上海市二期课改试验基地”。2004年6月，学校抓住机遇，承接了卢家楣教授的国家级课题“情感教学模式、策略、评价”的实践任务，成为卢家楣情感教学研究基地。2004年3月，经新区督导评估，确定学校整体办学水平为规范二级，发展评估为A等。 该校是市、区重点加强初中加强建设工程的学校之一，同时，浦东新区社会发展局根据《浦东新区教育事业“十五”计划与远景目标》优化学校形态布局的目标，将同样被列为重点加强初中建设工程学校的育青中学划入清流中学，形成了一校二区的办学新格局。